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Micron Document

<!DOCTYPE html>

<title>Xyz-Format</title>

</head>

<h1 id="firstHeading" class="firstHeading mw-first-heading">xyz-Format</h1>

</header>

</div>

<div id="mw-content-text" class="mw-body-content mw-content-ltr" lang="de" dir="ltr"><div class="mw-content-ltr mw-parser-output" lang="de" dir="ltr"><p>Das <b>xyz-Format</b> wird in der <a href="Computerchemie" class="mw-redirect" title="Computerchemie">Computerchemie</a> und <a href="Bioinformatik" title="Bioinformatik">Bioinformatik</a> verwendet und enthält <a href="Kartesisches_Koordinatensystem" title="Kartesisches Koordinatensystem">kartesische Koordinaten</a> in drei <a href="Dimension_(Gr%C3%B6%C3%9Fensystem)" title="Dimension (Größensystem)">Dimensionen</a> zur Beschreibung der Positionen von <a href="Atom" title="Atom">Atomen</a> in <a href="Molek%C3%BCl" title="Molekül">Molekülen</a>. Als Maßeinheit werden meist <a href="%C3%85ngstr%C3%B6m_(Einheit)" title="Ångström (Einheit)">Ångström</a>, seltener <a href="Atomare_Einheiten" title="Atomare Einheiten">atomare Einheiten</a> verwendet.

</p><p>Dieses Format wird von vielen Programmen verstanden, eine formale Definition wurde aber nie veröffentlicht. Deshalb kann sich das Format je nach verwendetem Computerprogramm leicht unterscheiden, bzw. das jeweilige Programm kann Probleme beim Lesen nicht-konformer xyz-Dateien haben.

</p>

<div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Formatspezifikation">Formatspezifikation</h2></div>

<p>Wie die meisten in der Computerchemie verwendeten Dateiformate ist auch das xyz-Format zeilenorientiert aufgebaut:

</p>

<pre>1. Zeile: Anzahl der Atome (Ganzzahl)

2. Zeile: Kommentar (Zeichenkette)

3. Zeile und folgende: Elementname x- y- z-Koordinaten (Zeichenkette bzw. Ganzzahl, 3 Kommazahlen)

</pre>

<p>In seiner allgemeinsten Spielart erlaubt das xyz-Format in den Atomspezifikationen ab der dritten Zeile noch die Angabe einer (Atomladung, Kommazahl), dreier (kartesischer Schwingungsvektor, 3 Kommazahlen) oder vierer (Schwingungsvektor und Atomladung) zusätzlicher Spalten.

</p>

<pre>Element x y z [x-vektor y-vektor z-vektor] [q]

</pre>

<p>Anders als andere weitverbreitete Dateiformate (z. B. <a href="Protein_Data_Bank" title="Protein Data Bank">pdb-Format</a>) gibt das xyz-Format keine festen Zahlenformate und -positionen vor.

</p>

<div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Beispiel">Beispiel</h2></div>

<p>Im Folgenden ist eine Beispieldatei für das Wassermolekül dargestellt. Alle Koordinatenangaben (ab Zeile 3, Spalte 2 bis 4) sind in Ångström, die Ladungen als Vielfaches der Elementarladung angegeben:

</p>

<pre> 3

Wassermolekül, in x-y-Ebene liegend; AM1-Rechnung

O 0.000000 0.000000 0.000000 -0.382710

H 0.961151 0.000000 0.000000 0.191355

H -0.224986 0.934448 0.000000 0.191355

</pre>

<div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Weblinks">Weblinks</h2></div>

<ul><li><a rel="nofollow" class="external text" href="http://openbabel.org/wiki/XYZ_%28format%29">The XYZ file specification | OpenBabel</a></li>

<li><a rel="nofollow" class="external text" href="http://www.ch.ic.ac.uk/chemime/">Infos bei Chemical MIME</a></li></ul></div><div><div class="zim-footer">

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</body></html>